Tiene quince libros publicados como productos de investigación:
Trabajos que incursionan primero en la Lingüística mesoamericana y posteriormente en la Musicología y la Historia social, cultural y económica:
Los Elementos del Tzotzil Colonial y Moderno. Centro de Estudios Mayas de la UNAM. México, 1971.
Pajapan: Un Dialecto Mexicano del Golfo. Col. Científica, 43. Instituto Nacional de Antropología e Historia. México, 1976.
Diagnóstico antropológico de la región de La Frailesca. Secretaría de Recursos Hidráulicos. México, 1976.
El nahua y el zoque de Tabasco. Editora Municipal. H. Ayuntamiento Emiliano Zapata, Tabasco. México, 1984 (Presentación: Otto Schumann).
Resistencia y Utopía. Memorial de agravios y crónica de revueltas y profecías acaecidas en la provincia de Chiapas durante los últimos 500 Años de su historia. 2 tomos. Ediciones ERA. México, Primera edición, 1985; Primera reimpresión, 1989; Segunda reimpresión, 1994; Tercera reimpresión, 1994; Cuarta reimpresión, 1995; Segunda edición, 1997; Quinta reimpresión, 2009. Desde 1994 en un solo volumen.
♣ Editado también por la Biblioteca del Mando de la Secretaría de la Defensa Nacional. México, 1994, 2 vols.
El Siglo de la Hacienda, primer tomo de la Historia de la Cuestión Agraria Mexicana, serie compilada por el Dr. Enrique Semo. Siglo XXI Editores/ CEHAM. México, 1991.
Ejército de Ciegos: Testimonios de la guerra chiapaneca entre carrancistas y rebeldes: 1914-1920. Ediciones Toledo. México, 1992.
Chiapas. Les comptes d’une rébellion. Éditions Syllepse. Paris, 1995.
Feuilleton mexicain. Éditions Syllepse. Paris, 1996.
Fronteras interiores. Chiapas: una modernidad particular. El Ojo Infalible. Editorial Océano. México, 2002.
El mar de los deseos. El Caribe hispano musical, historia y contrapunto. Siglo XXI Editores/ UNESCO. México, 2002. Primera reimpresión, 2009. Versión digital en: http://www.booku.com
Contra viento y marea. Los piratas en el Golfo de México. Plaza Janés, México, 2004.
Fandango. El ritual del mundo jarocho a través de los siglos. CONACULTA/ Instituto Veracruzano de la Cultura/ Instituto de Cultura de Campeche/ Secretaría de Cultura del Estado de Tabasco. México, Primera edición, 2006. Segunda edición, 2009.
Tierra adentro, mar en fuera. El puerto de Veracruz y su litoral a Sotavento, 1519-1821. Fondo de Cultura Económica/ Gobierno del Estado de Veracruz/ Universidad Veracruzana. México, Primera edición, 2011. Primera reimpresión, 2014.
Vientos bucaneros. Piratas, corsarios y filibusteros en el Golfo de México. Ediciones ERA. México, 2014.

Libro en prensa:
El mar de los deseos. El Caribe afroandaluz, historia y contrapunto. Ed. Corregida y aumentada (sección de Historia del Fondo de Cultura Económica, 2016)
Misericordia. El destino trágico de una collera de apaches en la Nueva España (sección de Historia del Fondo de Cultura Económica, 2016)


Libros en preparación:
Alma en boca, huesos en costal: negros y mulatos en la Nueva España
Conjuros y palabras: la Inquisición en Morelos
El árbol del Tiempo o la naturaleza del tiempo histórico
El Nahua del Golfo. In tahtōl in semānāwak
Mixe de Tamazulapan
Archivos del Chol de Tila. Diccionario y Mitos de tradición oral